Couvrant environ 49 000 km 2 , Marajó est la plus grande île fluviale du monde. Marajó est plus grande que toutes les îles des Caraïbes à l'exception de Cuba et d'Hispaniola (la République dominicaine et Haïti) et elle fait plus de quatre fois la taille de la Jamaïque et cinq fois celle de Porto Rico. Quelques pays européens, comme la Belgique et la Suisse, sont plus petits que Marajó.
Géographiquement, l'île de Marajó est naturellement divisée en deux moitiés : sa moitié orientale avec des savanes relativement grandes et sa moitié ouest avec une vaste forêt. La majeure partie de l'île géante est soumise à des inondations saisonnières ou de marée. De nombreuses rivières à marée de moins d'environ 100 km de long traversent la région boisée de l'ouest. L'intérieur oriental de Marajó forme un énorme bassin intérieur qui recueille l'eau de pluie, qui inonde la région pendant environ six à huit mois par an. Les immenses forêts inondées de Marajó sont liées floristiquement à la forêt inondable du fleuve Amazone. Les mangroves, qui représentent probablement moins de 10 pour cent de toutes les forêts inondables de Marajó, se trouvent principalement le long de la côte nord et à l'intérieur des terres le long de la baie de Marajó.
